Manual Para Um Editor De Sbml (systems Biology Markup Language)

Douglas Paim Lautert, Marcelo Cezar Pinto

Resumo


Introdução: O trabalho desenvolvido em tempo de graduação teve pelo objetivo criar manual para desmistificar e simplificar o aprendizado sobre a linguagem de marcação para biologia sistêmica, o SBML [1, 2], que pertence à área da Bioinformática. Ao longo do trabalho foi desenvolvido um manual "passo a passo" da linguagem em questão, pois não havia muita informação sobre ela e para que no futuro pesquisadores da área da biologia sistêmica possam tomar conhecimento de como funciona em termos técnicos e práticos o SBML. Habilitar pesquisadores dessa área a descrever seus trabalhos, assim como, compartilhar e publicar modelos biológicos em um formulário padrão. Material e Métodos: A pesquisa para a criação do manual teve início com um estudo sobre a linguagem de marcação XML [3], que é capaz de descrever diversos tipos de dados. Com o propósito principal de facilitar o compartilhamento de informações, essa linguagem é a base para a SBML. Como a XML, SBML utiliza "tags especiais", que são dados organizados de forma hierárquica, ou seja, um sistema de informação dotado de uma estrutura simples, legível para pessoas e máquinas.No decorrer da pesquisa, teve por objetivo aprofundar os conhecimentos dessas "tags especiais", que como dito, são estruturas únicas para a organização da informação. No entanto, para descrevê-las necessitava de uma fonte de informação e esse material de estudo foi um documento SBML publicado no site "www.ebi.ac.uk/biomodels/", dito modelo quarenta e dois [4], um estudo sobre a glicólise (modelo 42) [5]. Então descrita separadamente cada "tag" e parte da informação contida nelas provenientes do modelo. E no auxílio do trabalho escrito, foi utilizado o software livre SBMLeditor, que é um programa que faz edição e criação de documentos no formato SBML e um editor de texto comum. Resultados e Discussão: Em um âmbito geral a pesquisa voltou-se mais para a parte teórica, não fazendo parte a criação de um novo modelo e sim a revisão de um pré-determinado. Com isso, ao final da produção textual das estruturas e dos dados parciais relacionados a elas pelo modelo proposto, obtiveram a criação de um manual "passo a passo". Enfim, a criação textual é um manual detalhando de forma clara a estrutura de um documento SBML. Conclusões: A pesquisa sobre a linguagem de marcação para biologia sistêmica, do inglês simplesmente SBML, resultou em uma produção textual "passo a passo" da mesma, ou seja, um manual, que descreve as estruturas para armazenamento de dados de um documento SBML, definidas como "tags especiais". A criação do manual ocorreu pela necessidade de saber mais sobre a linguagem, pois na pesquisa bibliográfica feita ainda há pouca informação, e essa está apenas na Língua Inglesa. O manual servirá para que futuros e atuais pesquisadores da biologia sistêmica utilizem-se desse material para publicar e compartilhar as informações de suas pesquisas.Referências[1] Hattne al. Writing SBML for MesoRD. In:mesord.sourceforge.net/man/mesord/docbook/ch03.html Último acesso em 21 de setembro de 2009.[2] J. Hattne et al. Bioinfomatics. (2005) 21:2923-2924.[3] Wikipedia. XML. In:pt.wikipedia.org/wiki/XML Último acesso em 21 de setembro de 2009.[4] N. Le Novère et al. Nielsen1998_Glycolisys. In:www.ebi.ac.uk/biomodels-main/BIOMD0000000042 Último acesso em 21 de setembro de 2009.[5] Nielsen et al. Biophys. Chem. (1998) 72:49-62. Orgão de Fomento: PBDA/UNIPAMPA

Palavras-chave


Bioinformática, Xml, Biologia Sistêmica, Sbml

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