Estudo De Sequências Promotoras De Hiv E Proteinas De Membrana Das Suas CÉlulas Alvo

Guilherme Cezar Kniphoff Da Cruz, Angélica Bertazzo Fiorenza, Viviane Ulbrich Ferreira, Dione Larissa Kercher, Andrés Delgado Cañedo

Resumo


Introdução: A Síndrome da Imunodeficiência Adquirida é uma doença que afeta uma parcela significativa da população mundial, sendo caracterizada pelo enfraquecimento do sistema imunológico. Causada pelo vírus HIV, a AIDS pode ser transmitida através do sangue, leite materno, esperma, secreção vaginal, e líquido seminal. O vírus HIV faz parte dos retrovírus e possuem a capacidade de integrar sua informação genética no DNA das células infectadas. Entre as células alvo encontram-se os linfócitos T citotóxicos e monócitos, os quais são reconhecidos pela interação entre proteínas virais com as proteína de membrana CD4 e os co-receptores CCR5 ou CXCR4. Embora muito se conheça acerca do HIV, a pergunta sobre qual é a causa evolutiva do sucesso do HIV na escolha de linfócitos ou monócitos CD4 ainda está em aberto e neste trabalho temos por objetivo gerar dados para contribuir na sua resposta. Material e Métodos: Para comparar a regulação gênica do vírus HIV e proteínas presentes nos linfócitos T citotóxicos nos criamos uma tabela que apresenta a ausência ou presença de fatores de transcrição nas regiões promotoras de genes que codificam proteínas de membrana nesta linhagem celular. Assim, construímos uma base de dados das proteínas de membrana presentes em linfócitos T contendo os fatores de transcrição que se ligam nos promotores dos genes que as codificam. A região da sequências promotoras foi ajustada entre -500 e +500 bases em relação ao início da transcrição de cada gene e analisadas com a ferramenta de bioinformática TESS usando a matriz de peso posicional TRANSFAC, com o filtro “human”. Esta ferramenta oferece um arquivo com extensão xls que facilita o estudo dos dados. Finalmente, os dados oferecidos por TESS foram avaliados com macros de Excel desenvolvidos pelo nosso grupo de pesquisa. Resultados e Discussão: No presente trabalho conseguimos ampliar a base de dados do nosso grupo para 203 sequências analisadas de proteínas de membrana presentes em linfócitos T contra um total de 1085 fatores de transcrição. Desta forma criamos uma base de dados que relaciona as proteínas e os fatores de transcrição. Após análise foi montada uma matriz contendo 244.800 dados que mostram que as sequências dos 203 promotores analisados possuem em média 24 fatores de transcrição com desvio padrão de 4. Dos 1085 fatores de transcrição estudados unicamente 71 estão presentes nos promotores estudados sendo que 21 destes (30%) estão presentes em mais do que 60% das sequências promotoras. Na comparação entre os promotores do HIV e seus co-receptores a maioria dos fatores compartilhados são aqueles presentes dentro do grupo do 30% acima citado. Entretanto, o fator NF-kB encontra-se presente em unicamente 19 dos 204 promotores estudados (9%) podendo ser um dos principais fatores a ser estudado no futuro deste trabalho. Conclusões: Os dados obtidos até agora mostram um panorama complexo na rede de regulação gênica entre o HIV e as proteínas celulares usadas por estes durante o processo de infecção. Portanto, uma análise mais detalhada envolvendo outras proteínas será necessária, pois vários fatores de transcrição apresentaram potencial para estarem envolvidos durante a infecção viral. A revisão bibliográfica também mostra alguns fatores que estão relacionados à ativação do vírus na célula porém, os mesmo não se apresentaram nos nossos dados. Assim, a região promotora será obtida, alternativamente, com valores diferentes de -500 e +500, podendo estendê-la para valores entre -1000 e +1000 ou, inclusive, -2000 e +2000. Orgão de Fomento:

Palavras-chave


Hiv, Bioinformática, regulação gênica, promotores, fatores de transcrição

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