AnÁlise De Promotores De Genes Diferencialmente Expressos Em Leucemia Linfóide Crônica AtravÉs De Ferramentas De BioinformÁtica.

Dione Larissa Kercher

Resumo


Introdução: Os promotores são regiões no DNA que regulam a expressão gênica e se localizam flanqueando o sítio de início da transcrição. O estudo de promotores através das ferramentas de bioinformática começou há aproximadamente 20 anos quando os primeiros fatores de transcrição de eucariontes começaram a ser estudados. A primeira base de dados de sítios de ligação de fatores de transcrição foi a TRANSFAC, mas atualmente outras bases de dados estão disponíveis, como a base de dados JASPAR. Estas bases de dados realizam as análises através de matrizes de peso que permitem saber qual é a probabilidade de que um fator de transcrição se ligue numa determinada sequência de DNA. Dentro das ferramentas disponíveis online, o site TESS (Transcription Element Search System) fornece qualquer uma das duas bases de dados citadas, de forma separadas ou em conjunto disponibilizando os dados analisados num arquivo com extensão xls que facilita a análise destes por parte do usuário. Recentemente esta metodologia foi associada ao estudo de expressão gênica em grande escala. Associando os fatores de transcrição GCCR, HMGIY, HSF1, p53, VDR em retina e E2F, YY1, ZF5 no plexo coróideo quando estes foram comparados e também associando os fatores C/EBPβ e VDR com os genes diferencialmente expressos durante a isquemia cerebral. Assim, as bases de dado atualmente disponíveis fornecem um universo de dados a serem explorados permitindo desvendar novas vias para serem usadas como alvo de novas drogas. Material e Métodos: Usamos como modelo dados de expressão gênica de Leucemia Linfóide Crônica previamente publicados. As sequências promotoras dos genes diferencialmente expressos foram obtidas definindo-as como a região compreendida entre as bases -500 e +500, com respeito à base de início da transcrição. Estas sequências foram submetidas à ferramenta TESS, selecionando a base de dados Transfac, o filtro “Human”, o valor seis para o máximo e mínimo de semelhança e 0,05 no filtro estatístico. Para automatizar a análise, foram desenvolvidos macros de Excel que fornecem como resultado uma matriz de presença ou ausência de cada um dos fatores de transcrição em cada um dos promotores dos genes estudados. Resultados e Discussão: Neste trabalho foram programados dois macros um para copiar os fatores de transcrição de cada promotor para uma nova planilha e o segundo aplica a ferramenta (PROCV) definindo a presença ou ausência destes fatores num sistema binomial, obtendo-se assim uma matriz onde o valor 0 corresponde à ausência e o valor 1 à presença. A aplicação dos macros se mostrou satisfatória, permitindo a organização das planilhas obtidas na matriz planejada. A análise desta no nosso modelo apresentou os fatorer de transcrição C-rel e NF-kB em vários dos genes pouco expressos. Entretanto, nos genes super expressos, o c-Rel estava ausente e o fator NF-kappaB em menor proporção. A análise estatística pelo método de qui-quadrado mostrou significância nestas diferenças. Conclusões: a) o site TESS fornece uma valiosa ferramenta para a análise de sequências promotoras, de fácil acesso e com dados organizados em planilhas que facilitam a avaliação; b) a programação de macros para análise das planilhas permite a análise automatizada dos dados; c) os nossos dados colaboram com os dados obtidos por outros grupos de pesquisa que demonstram a relação dos fatores C-rel e NF-kB em doenças linfoproliferativas, fornecendo dados sobre novos alvos destes fatores de transcrição que poderão servir como alvos de tratamento em futuros trabalhos. Orgão de Fomento:

Palavras-chave


Bioinformática, Leucemia, fatores de transcrição, Nf-kb, c-rel

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